A több mint ötszáz ággyal működő Szent Margit Kórház a Molnár Lajos (SZDSZ) egészségügyi miniszter nevéhez fűződő, 2007 áprilisától hatályos struktúraátalakítás után vesztette el önállóságát. Jelentősen csökkentették az aktív ágyak kapacitását, leépítették jól működő sebészetét, szülészetét, valamint újszülött-ellátását, és az intézményt a Budai Gyermekkórházzal együtt integrálták a Szent János Kórházba. Ezzel a Margit Kórház telephellyé vált. Hogy megmaradhatott, az csupán annak köszönhető, hogy Óbuda-Békásmegyer Önkormányzatának Képviselő-testülete változtatási tilalmat rendelt el a területre, ezzel évekre megakadályozta az ingatlanértékesítés lehetőségét.
A jelek szerint azonban az integrálás rossz döntés volt, mert az egyesített Szent János Kórház széles szakmai portfoliója miatt meghaladja az optimális, átlátható betegellátás-szervezési méreteket. Ráadásul a betegeket csak szinte végső megoldásként sikerült átirányítani a Jánosba. Ezzel egy városnyi lakosú városrész, a III. kerület jó ideig kórház nélkül maradt. A jelenlegi előterjesztés szerint a Szent Margit Kórház a mostani telephely portfóliójával, illetve a sebészet és szülészet megerősítésével fenntartható, stabil gazdálkodású, megfelelő üzemméretű intézmény lehet. Ehhez azonban még számos engedély beszerzése, felmérések készítése szüksége. A javaslatot Szentes Tamás egészségügyért felelős főpolgármester-helyettes jegyzi, de sokan tudni vélik, hogy az eredeti ötlet Tarlós István főpolgármestertől, Óbuda-Békásmegyer volt polgármesterétől származik.
A végső döntés, és az intézmény újjáélesztésének ütemterve a Fővárosi Közgyűlés augusztusi ülésén várható, így december 1-jétől indulhatna újra az immár önálló Szent Margit Kórház.
