Fodor János 1981-ben szerzett matematikusi oklevelet az Eötvös Loránd Tudományegyetemen (ELTE). 1983-tól az ELTE számítóközpontjának operációkutatási osztályán, majd a természettudományi kar számítógép-tudományi tanszékén dolgozott. A matematikai tudomány kandidátusa lett 1991-ben, 2004-től az MTA doktora – tudatta az egyetem.
1995-től a Gödöllői Agrártudományi Egyetem (GATE) matematika-tanszékén volt egyetemi docens, azt követően az akkori Állatorvostudományi Egyetem biomatematikai és számítástechnikai tanszékének vezetője lett. 2005-től a Budapesti Műszaki Főiskolán dolgozott egyetemi tanárként, majd az Óbudai Egyetem Neumann János Informatikai Kar Intelligens Mérnöki Rendszerek Intézetének igazgatója volt.
Később a főiskola rektorhelyetteseként, illetve az Óbudai Egyetemen szintén rektorhelyettesi beosztásban tevékenykedett. 2014 áprilisa óta látta el az Óbudai Egyetem rektori feladatait. Fodor János tizenegy tudományos kötet szerkesztője, 30 könyvfejezet, 69 referált folyóiratcikk, 158 referált konferencia-előadás és 26 egyéb publikáció fűződik a nevéhez, több tudományos szervezet tagja, illetve vezetője volt.
Tevékenységét a Budapesti Műszaki Főiskola aranygyűrűvel, a Szent István Egyetem Pro Negotio Universitatis díjjal, a Bolyai János Matematikai Társulat Farkas Gyula-emlékdíjjal, a Temesvári Műszaki Egyetem tiszteletbeli doktori cím adományozásával ismerte el.
